中心在学校课程思政建设领导小组的领导下开展工作。分管副校长任中心主任，教务处处长任副组长，下设办公室（挂靠教务处）与课程思政建设专家委员会、研究会，协同教务处、人力资源部、教师教学发展中心、质量管理办公室、学团工作处、马克思主义学院等组织实施全校课程思政建设研究与实践工作；各学院成立工作小组，具体负责本单位课程思政建设工作；依托教研室由专业课程教师与思政课教师共同组建课程思政建设课程组；构建形成四级课程思政建设组织体系。

中心实行主任负责制，加强教务处、宣传处、人力资源部、学团工作处、质量管理办公室、教师教学发展中心、马克思主义学院、齐鲁文化研究院等相关部门和各教学单位内工作联动；建立课程思政建设管理与课程常规教学管理并行不悖、相对独立的运行机制；按照“五化”建设要求，健全各项制度规范、标准要求、工作流程，将课程思政有机融入到五育全过程。